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山西中医药大学于1982年经国务院批准筹建，1989年经原国家教委批准成立山西中医学院。2015年成为山西省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2017年5月经教育部批准更名为山西中医药大学。学校是教育部首批卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校、推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生高校、中医学专业“5 3”一体化招生院校、中国政府奖学金生委托培养高校、山西省深化创新创业教育改革示范高校。

学校研究生教育始于2000年，获批中医临床基础二级学科硕士学位授权点，2001年开始招收全日制硕士研究生，2003年开始先后与山东、北京、天津、湖北等10所中医药大学联合培养博士研究生，2006年获批针灸推拿学、中医医史文献两个二级学科硕士学位授权点，2011年获中医学、中药学两个一级学科硕士学位授予点，同年被教育部批准成为开展同等学力人员申请硕士学位工作单位，2014年获中医学、中药学、护理3个硕士专业学位授权点，2017年2月成为山西省博士学位授权立项建设单位。

学校现有山西省重点建设学科4个，山西省“1331工程”优势特色学科1个，国家中医药管理局“十一五”“十二五”中医药重点学科12个，山西省卫生计生委中医药重点学科14个。学校牵头成立了山西省中医药科技创新联盟。是国家中药现代化科技产业（山西）基地、国家国际科技合作基地、国家中医药科技合作基地，现有省部级以上研发与科技服务平台20个，其中省部级以上重点实验室7个，省高校协同创新中心2个，省高校人文社会科学重点研究基地2个。省级科技创新团队5个，省“1331工程”重点创新团队1个、重点实验室2个、工程（技术）研究中心1个。

学校有国家级中医住院医师规范化培训基地4所及省内外多所研究生联合培养基地。其中附属医院与中国中医科学院西苑医院于2021年起合作共建集“预防—医疗—康复”三位一体的国家中医区域医疗中心, 现已成立西苑医院山西医院心血管临床诊疗中心,后续将开展多科室多领域合作，全面推动技术、管理、品牌的平移。