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皖南医学院于1979年开始招收硕士学位研究生，1981年11月3日被国务院学位委员会批准为首批硕士学位授权单位，同时获批药理学、神经病学、中医内经3个硕士学位授权点。经40多年的发展，学位授权点有了长足发展。2013年成为教育部、国家卫生和计划生育委员会批准的第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。