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研究生教育是济宁医学院最高层次的学历教育。学校自1996年起开始联合天津医科大学招收研究生，现为临床医学一级学科专业硕士学位授权点和同等学力人员申请临床医学硕士专业学位授予点，并与山东大学、天津医科大学、青岛大学、山东农业大学、山东省医学科学院、曲阜师范大学等联合招收培养博士、硕士研究生。研究生教育经历了从无到有、逐渐扩大、逐步完善的发展历程。

近年来，学校秉承“为国家育人才，为大众谋健康”的办学宗旨，以提高研究生培养质量为目标，加强了研究生教育基础设施建设，在教学用房、仪器设备、实验条件、图书资料、现代教育技术手段和设施等方面加大经费投入，不断改善研究生培养的基础条件。改革完善招生体制，进一步提高研究生生源质量，优化生源结构，建设一支具有国际视野、高水平的导师队伍，创新人才培养模式，提升人才培养质量。深入实施研究生教育创新工程，不断加强学科建设、导师队伍建设和支撑条件建设，狠抓管理，推进研究生教育的规范化、制度化、科学化，形成了入学选拔、课程学习、课题研究、临床实践、毕业答辩和学位授予等系列完备的质量保证体系，研究生教育的质量和水平不断提升。