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湖北中医药大学1978年开办硕士研究生教育，1993年开办博士研究生教育，是全国首批招收中医专业研究生的高等院校之一。现有博士学位授权点3个（含中医学、中药学2个一级学科博士学位授权点，中医1个博士专业学位授权点）；硕士学位授权点13个（含中医学、中药学、中西医结合、药学、管理科学与工程、护理学和医学技术7个一级学科硕士学位授权点，中医、中药学、护理、翻译、药学和公共管理6个硕士专业学位授权点）。拥有中医学和中药学2个一级学科博士后流动站，具有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生资格和对港、澳、台地区招收研究生资格。

学校现有15个国家中医药管理局重点学科，中医学入选湖北省“国内一流学科”建设学科，临床医学学科进入esi全球排名前1%；拥有3个省级重点一级学科，2个省级优势学科群；建有5个国家卫生健康委重点专科、9个国家中医药管理局重点专科、20个省级重点专科。

学校建有1个中药资源与中药复方教育部重点实验室，2个国家中医药管理局三级实验室，1个国家中医药管理局重点研究室，1个湖北省中药资源与中药化学重点实验室，3个湖北省工程技术研究中心，1个道地药材与创新中药新产品研发技术创新基地，1个针灸治未病国际合作基地，2个湖北省协同创新中心及其他16个省级、武汉市科研平台。学校是国家中医临床研究基地--中医药防治肝病基地、国家产业技术创新战略重点培育联盟理事长单位、国家疫病防治建设中心、湖北省中药产业技术创新战略联盟理事长单位、湖北省产业技术创新基地道地药材与创新中药新产品研发技术创新基地的依托单位，是全国中医药标准化技术培训和研究中心、全国中医医院信息管理中心、湖北省中医药继续教育基地。（截至2022年）