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清华大学天文系的前身是天体物理中心,始建于2001年,挂靠物理系,是跨院系的校级研究机构,李惕碚院士担任主任。在李惕碚(2001-2010)和陶嘉琳(2010-2014)的领导下,天体物理中心经历了十多年稳步发展,为国内外天文界培养了一批优秀的年轻人才,形成了一支以致密天体和高能天体物理为主要研究方向的学术队伍。2014-2019年,在学校的大力支持下,天体物理中心进入新的发展阶段,由毛淑德担任主任。中心新增了星系宇宙学和系外行星两大前沿方向,形成了一个学科布局合理、中青年结合的学术梯队。在此基础上,清华大学决定成立天文系,于2019年4月21日举行了成立大会。