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内蒙古医科大学图书馆成立于1956年。1990年起由自治区卫生厅委托承担全区医药卫生科技项目查新咨询工作。1991年国家卫生部指定为全国医学文献资源共享网络省级中心馆。2009年成为中国高校文献保障体系（calis）成员馆，2010年加入中国高校人文社会科学文献中心（cashl）成员馆、同年成为国家科技文献中心（nstl）授权用户，2011年成为calis全国医学文献资源共建共知共享网成员馆。

经过多年建设发展，内蒙古医科大学图书馆发生了巨大的变化。2007年金山校区图书馆正式启用，馆舍面积扩大，新华校区图书馆即将投入使用。近年来，学校非常重视对图书馆的建设，加大对图书馆经费投入，文献资源购置费稳步增加，重点及专项建设经费投入加大。人才队伍素质进一步提升，高学历人才占员工比例增大。数字图书馆建设开创新局面，数字化设施普及，信息技术广泛应用，并致力于文献资源共建共享建设。