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南京中医药大学图书馆创建于1954年，历经江苏省中医进修学校图书室、江苏新医学院图书馆分馆、南京中医学院图书馆、南京中医药大学敬文图书馆等不同发展阶段，是全国中医院校中首批唯一被中华人民共和国国务院及文化部命名的“全国古籍重点保护单位”，也是江苏省政府命名的“江苏省古籍重点保护单位”、国家中医药管理局中国中医药文献检索中心南京分中心、国家科技基础条件平台、医药卫生科学数据共享科研工程重点建设单位、江苏省高等教育文献保障系统及中国高等教育文献保障系统的成员单位。

围绕学校学科专业的发展需要，图书馆通过权威数据库引进、网络开放存取资源组织、校内自有资源开发、馆际资源交流与共享、特色馆藏资源整合与开发等多种途径推进馆藏建设，逐步形成了以医药文献为主体，中医药文献全覆盖、兼顾社会科学和其它自然科学文献的多类型、多载体特色馆藏体系。截至2022年8月31日，累计馆藏纸质文献近131万册，中医药古籍3千余种4万余册；中文报刊538种；中外数据库120个（含子库和自建库）；电子图书近209万册。全部资源均面向本校注册读者开放。