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学校创建于1934年11月21日，坐落在广西壮族自治区首府南宁市。学校前身是广西省立医学院，1940年校址迁至桂林；学校创建到新中国成立前，学校在战乱中六次迁徙校址，四次变更校名；新中国成立后，1949年11月更名为广西省医学院；1952年由中央卫生部委托中南卫生部直接领导；1953年4月中央卫生部批准改称为广西医学院；1954年7月由桂林迁回南宁市现址至今；1996年5月教育部批准更名为广西医科大学。

学校是是全国建校较早的22所医学院校之一，是全国最早定点招收外国留学生、港澳台学生和华侨学生的8所医学院校之一，是教育部批准的有招收本科临床医学专业（英语授课）留学生资格的首批30所高校之一，是广西壮族自治区人民政府重点建设的三所大学之一，是广西医学教育、医学研究、临床医疗和预防保健的中心。

截至2020年4月学校现拥有南宁-校本部、南宁-武鸣校区、玉林校区、国际医药教育交流与研究中心（五象校区，在建）4个校区，其中南宁-校本部总用地面积571.2亩，位于南宁市青秀区双拥路22号；南宁-武鸣校区总用地面积1433亩，位于南宁市武鸣区武华大道武鸣段336号；玉林校区规划用地总面积900余亩，位于广西北流市与玉东新区交界处，玉林市教育东路延长线南侧、四所二队东侧、南流江西侧；国际医药教育交流与研究中心（五象校区）规划用地总面积约351.84亩，位于南宁市五象新区玉岭路以东、凤凰路以南、楞仙路以西、玉成路以北。4个校区共占地约3300亩。教学机构完善，实践基地齐全。学校设有19个二级学院、1个教学部，即：基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院、第二临床医学院、肿瘤医学院、口腔医学院、武鸣临床医学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、马克思主义学院、外国语学院、全科医学院、信息与管理学院、生命科学研究院、研究生院、国际教育学院、高等职业技术学院、继续教育学院、体育部。