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昆明动物博物馆拥有我国西南地区规模最大、收藏量最为丰富的动物标本馆和国内最丰富的对外展出动物标本的陈列大厅，是中国科学院昆明动物研究所几代科学家在50多年时间里采集到的各种标本的结晶和心血，为昆明动物博物馆的建立奠定了坚实的基础。动物博物馆标本馆与研究所同期建于1959年初，历经几代科学工作者的艰苦努力，保存有大量云南及西南地区的动物标本，是博物馆的基础和重要组成部分。标本馆贮藏面积2111.12平方米。储藏区包括兽类库、鸟类库、两栖爬行库、鱼类库和昆虫库，标本保存方式有：浸泡、干壳、剥制、冷藏等。标本馆现馆藏各类动物标本近90万号，其中模式标本超500种/亚种5,161号，涵盖了云南“动物王国”和临近省区几乎所有生态类型的动物标本，具有浓郁的地域特色。馆藏标本中不乏如金丝猴、懒猴、大熊猫、黑颈鹤、胡兀鹫、白尾梢虹雉、海龟、凹甲陆龟、中华鲟、金斑喙凤蝶等珍稀种类，凸显了我馆在收集世界生物多样性热点区域的我国西南地区丰富的生物多样性标本的优势和特色。馆藏标本也有不少采自其他地区。立足西南、覆盖全国、面向东南亚是我馆收藏标本的定位。

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